home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00302 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  53 lines
  1. **********************************************************************
  2. * SRF-type transcription factors DNA-binding and dimerization domain *
  3. **********************************************************************
  4.  
  5. A number of transcription factors  contain a conserved domain of 56 amino-acid
  6. residues, sometimes known as the MADS-domain. They are listed below:
  7.  
  8.  - The serum response factor (SRF) [1], a mammalian  transcription factor that
  9.    binds to the Serum Response Element (SRE). This is a short sequence of dyad
  10.    symmetry located 300 bp  to the 5' end of the transcription initiation site
  11.    of genes such as c-fos.
  12.  - Yeast  GRM/PRTF  protein  (gene  MCM1) [2], a  transcriptional regulator of
  13.    mating-type-specific genes.
  14.  - Yeast arginine metabolism regulation protein I (gene ARGR1 or ARG80).
  15.  - Arabidopsis thaliana  agamous  protein (AG) [3],  a  probable transcription
  16.    factor  involved  in  regulating  genes  that  determines stamen and carpel
  17.    development in wild-type flowers.   Mutations in  the AG gene result in the
  18.    replacement of the stamens by petals and the carpels by a new flower.
  19.  - Arabidopsis  thaliana  homeotic  proteins Apetala1 (AP1) and Apetala3 (AP3)
  20.    which act  locally  to  specify the identity of the floral meristem  and to
  21.    determine sepal and petal development [4].
  22.  - Antirrhinum majus and tobacco homeotic protein deficiens (DEFA) and globosa
  23.    (GLO) [5].  Both proteins are transcription factors involved in the genetic
  24.    control of  flower  development.    Mutations  in  DEFA  or  GLO  cause the
  25.    transformation of petals into sepals and of stamina into carpels.
  26.  - Arabidopsis thaliana putative transcription factors AGL1 to AGL6 [6].
  27.  - Antirrhinum majus morphogenetic protein DEF H33 (squamosa).
  28.  
  29. In SRF, the conserved domain has been shown [1] to  be involved in DNA-binding
  30. and dimerization.  We have derived a pattern that spans the complete length of
  31. the domain.
  32.  
  33. -Consensus pattern: R-x-[RK]-x(5)-I-[DE]-N-x(3)-R-x(2)-T-[FY]-x-[RK](3)-x(2)-
  34.                     [LIVM]-x-K(2)-A-x-E-[LIVM]-[ST]-x-L-x(4)-[LIVM]-x-
  35.                     [LIVM](3)-x(6)-[LIVM]-x(2)-[FY]
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  39.  
  40. [ 1] Norman C., Runswick M., Pollock R., Treisman R.
  41.      Cell 55:989-1003(1988).
  42. [ 2] Passmore S., Maine G.T., Elble R., Christ C., Tye B.K.
  43.      J. Mol. Biol. 204:593-606(1988).
  44. [ 3] Yanofsky M., Ma H., Bowman J., Drews G., Feldmann K.A., Meyerowitz E.M.
  45.      Nature 346:35-39(1990).
  46. [ 4] Mandel A., Gustafson-Brown C., Savidge B., Yanofsky M.
  47.      Nature 360:273-277(1992).
  48. [ 5] Troebner W., Ramirez L., Motte P., Hue I., Huijser P., Loennig W.-E.,
  49.      Saedler H., Sommer H., Schwartz-Sommer Z.
  50.      EMBO J. 11:4693-4704(1992).
  51. [ 6] Ma H., Yanofsky M.F., Meyerowitz E.M.
  52.      Genes Dev. 5:484-495(1991).
  53.